Es posible que el sensor de agua en el combustible esté mal, es el que va en el fondo del filtro. Prueba a limpiarlo muy bien, si sigue encendida prueba a desconectarlo para saber si es el sensor o alguna derivación en la instalación. Para el problema del alternador asegurate de la limpieza de las bornas de la bateria y de su estado general, revisa  que con el motor arrancado lleguen a la bateria al menos 13,8 voltios, si no es asi, mide directamente al alternador. Si en el alternador tampoco se alcanza el voltage seguramente estará ahi el problema, puede ser de escobillas, el regulador, incluso un diodo en mal estado. Haz todo esto y nos cuentas como te ha ido, seguramente el amigo electra pueda ayudarte mucho más con este problema. Un saludo.