Hola Santiago, solo se me ocurre decirte que lo primero es verificar  que el fusible que pones de repuesto sea del mismo valor que el original, porque si es de menor valor no aguantaria el consumo de la bomba y si es de mayor valor corres el riesgo de que la instalación que soporta la bomba se queme.
No dices si el fusible se quema nada mas entrar en servicio (lo que haría sospechar en un cortocircuito) o por el contrario se quema despues de estar un tiempo en servicio (lo que induciría a pensar que lo hace porque el fusible no soporta la intensidad que circula por el circuito) en cuyo caso habría que considerar que el fusible no es el apropiado.
Todo esto sería válido si el repuesto que has cambiado tiene iguales características que el que has quitado. Características electricas, es decir consumo electríco, porque si no,  a lo mejor tienes que poner un fusible apropiado. Mira por otro lado que el cable que alimenta a la bomba no esté pelado y haga contacto con masa.
Un saludo
Zulu

Por cierto, ese tipo de problemas tambien se dan cuando los cables están sulfatados, lo cual aumenta la resistencia en el circuito, o alguna bobina en el circuito ya está defectuosa (del relay) lo que te provoca el mismo sitoma.